Bis in die Mitte der neunziger Jahre wurde das Gebiet der Marktgemeinde Nittendorf von der zweiten Pfarrstelle der Dreieinigkeitskirche Regensburg „mitbetreut“. Wenige Jahre später wurde der Dienstsitz der zweiten Pfarrstelle Dreieinigkeit nach Nittendorf verlegt. Seit dem 1. September 2011 ist der Nittendorfer Gemeindeteil aus der Dreieinigkeitskirche ausgegliedert worden. Seitdem gehört er zur Kirchengemeinde Hemau-Nittendorf.
In Nittendorf leben derzeit ca 1300 Gemeindeglieder. Der Markt Nittendorf ist zusammen mit der Verwaltungsgemeinschaft Laaber (bestehend aus Laaber, Brunn und Deuerling) dem Sprengel II der Kirchengemeinde zugeordnet.
